本センターは、昭和60年10月31日に農林水産大臣の設立認可を得て
「社団法人 土地改良技術情報センター」
として発足し、技術情報誌の発刊、土地改良工事標準積算基準（積算シリーズ）、土地改良事業標準設計の出版、国営地区の事業誌・技術誌の編纂等を主体に業務を進めてきました。
この間、農業情勢の大きな変化に伴い、土地改良事業は、生産基盤の整備と生活環境の整備を総合的に推進する観点から、予算上の名称が農業基盤整備事業から農業農村整備事業に改められました。また、近年、工事については、工種が多様化する中で環境保全対策への配慮、品質確保とコストの縮減、入札・契約の透明性の確保等の社会的要請に加え、国際化の急激な進展に対応できる農業農村の構築のため、事業の重点的、加速的な推進が求められるなどその環境も急激に変化しており、施工等のより一層の効率的な実施が喫緊の課題となっています。
このため、本センターでは、高度の情報システムを媒体とした効率的な事業執行システムを確立するため、平成6年6月1日に定款の変更を行い、センターの事業目的に、新たに農業農村整備に関する情報システムの調査研究及び技術開発並びに設計、積算、施工、管理等についての技術支援業務を加えるとともに、センター内に「農業農村整備情報研究所」を設立するなど業務の拡充と組織体制の強化を図りました。
また、これに伴い名称を
「社団法人 農業農村整備情報総合センター」
に改め、業務を進めて参りました。
その後、平成20年12月に施行された「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律」に基づく新公益法人制度ヘの移行に伴い、内閣総理大臣の認可を得て、平成25年4 月1 日をもって非営利・一般社団法人に移行し、これに併せて名称を
に改め、現在に至っております。